Jesień 2026 r. przyniesie jedną z największych od kilku lat nowelizacji przepisów dotyczących podatku VAT. Zmiany obejmują zarówno zasady rozliczania podatku, jak i funkcjonowanie Krajowego Systemu e-Faktur, obowiązki związane z plikami JPK_V7M oraz raportowaniem schematów podatkowych (MDR). Nowelizacja wprowadza również nowe regulacje dotyczące mechanizmu podzielonej płatności, odpowiedzialności solidarnej czy zasad odliczania podatku naliczonego.

Dla jednostek samorządu terytorialnego, ich jednostek organizacyjnych oraz pozostałych podmiotów sektora finansów publicznych oznacza to konieczność dostosowania procedur księgowych, obiegu dokumentów oraz zasad weryfikacji kontrahentów. W praktyce wiele nowych regulacji będzie miało bezpośredni wpływ na codzienną pracę wydziałów finansowych, księgowości i osób odpowiedzialnych za rozliczenia VAT.

Od 1 października 2026 r. zaostrzone zostaną przepisy dotyczące rejestracji podatników VAT. Zmiany obejmą formularze VAT-R i VAT-Z oraz rozszerzą możliwości weryfikacji podmiotów przez organy podatkowe.

Istotne modyfikacje dotyczą także ograniczenia prawa do odliczenia podatku. Dotychczas przepisy odwoływały się do czynności pozornych i obejścia prawa, natomiast po zmianach kluczowe znaczenie będzie miało pojęcie nadużycia prawa, które od wielu lat funkcjonuje w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości UE. W praktyce oznacza to większą rolę oceny rzeczywistego celu transakcji.

Nowelizacja doprecyzowuje również przepisy dotyczące ulgi na złe długi oraz miejsca dostawy energii elektrycznej, eliminując część dotychczasowych wątpliwości interpretacyjnych.

Jedną z najważniejszych zmian będzie rozszerzenie odpowiedzialności solidarnej nabywców za zaległości podatkowe sprzedawców. Nowe przepisy obejmą również część transakcji rozliczanych z zastosowaniem mechanizmu podzielonej płatności (MPP), a także wybrane usługi niematerialne o wartości do 15 tys. zł.
Jednocześnie zmienią się załączniki do ustawy o VAT określające towary i usługi objęte obowiązkowym MPP. Oznacza to konieczność ponownego przeanalizowania stosowanych procedur zakupowych oraz zasad oznaczania transakcji.

Nowelizacja przewiduje również szereg zmian dotyczących importu towarów i usług. Zmienią się zasady deklarowania importu usług oraz nabyć zagranicznych, doprecyzowane zostaną terminy zapłaty podatku, a część usług związanych z importem będzie mogła korzystać ze stawki 0%.
Zmodyfikowane zostaną również przepisy dotyczące funkcjonowania grup VAT oraz momentu powstania obowiązku podatkowego przy przejęciu własności z mocy prawa lub na podstawie decyzji organów administracji.
Praktycznym ułatwieniem będzie rozbudowa tzw. białej listy podatników. Po zmianach możliwe będzie sprawdzenie statusu kontrahenta na dowolny dzień nawet do pięciu lat wstecz, co znacząco ułatwi weryfikację historycznych transakcji.

Pomimo obowiązkowego wdrożenia Krajowego Systemu e-Faktur wiele zagadnień nadal budzi wątpliwości praktyczne. Dotyczy to przede wszystkim przypadków podwójnego fakturowania, kiedy dokument zostaje wystawiony jednocześnie w KSeF i poza systemem.

Problemy pojawiają się również przy ustalaniu prawa do odliczenia podatku z faktur wystawionych poza KSeF, określaniu daty wystawienia i otrzymania faktury czy sposobie korygowania dokumentów zawierających błędne dane.

W praktyce jednostki samorządowe coraz częściej spotykają się także z pytaniami dotyczącymi wystawiania faktur ustrukturyzowanych przez podatników zwolnionych z VAT, podmioty nieposiadające numeru NIP czy przy sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej.

Zmiany obejmują również pliki JPK_V7M. Od października pojawią się nowe oznaczenia dokumentów, m.in. BFK, OFForaz DI, a w ewidencji sprzedaży i zakupów pojawi się obowiązek wykazywania numerów KSeF.

Nowe regulacje określą także sposób ewidencjonowania faktur błędnie wystawionych poza KSeF oraz przewidują sankcje za brak wymaganych oznaczeń lub ich nieprawidłowe stosowanie.

Zmiany nie ograniczają się wyłącznie do nowych obowiązków formalnych. Bardzo istotne pozostają również zasady odliczania podatku naliczonego.
Szczególne znaczenie będą miały nowe orzeczenia sądów oraz TSUE dotyczące momentu powstania prawa do odliczenia VAT, a także rozliczania inwestycji przeznaczonych do dzierżawy lub sprzedaży.
Jednostki samorządowe nadal będą musiały analizować możliwość odliczenia podatku od wydatków związanych z realizacją zadań własnych, inwestycjami drogowymi, zakupami dla OSP czy wydatkami na artykuły spożywcze udostępniane pracownikom podczas wykonywania obowiązków służbowych.

Zmieniające się przepisy nie eliminują problemów, z którymi JST spotykają się na co dzień. Nadal liczne wątpliwości dotyczą prawidłowych stawek VAT przy usługach sportowych, opodatkowania energii z odnawialnych źródeł, sprzedaży nieruchomości, rekompensat, wywłaszczeń czy rozliczania projektów współfinansowanych ze środków zewnętrznych.
Praktyka pokazuje również, że wiele pytań dotyczy opłat parkingowych, opłat za zajęcie pasa drogowego, budowy przydomowych oczyszczalni ścieków, sprzedaży posiłków czy wpłat mieszkańców i przedsiębiorców realizowanych w ramach wspólnych przedsięwzięć z gminą.

Od 1 października 2026 r. uproszczone zostaną również przepisy dotyczące raportowania schematów podatkowych. Najważniejszą zmianą będzie likwidacja obowiązku zgłaszania krajowych schematów podatkowych, w tym dotyczących podatku VAT.
Nowelizacja przewiduje ponadto ograniczenie liczby składanych formularzy MDR, zmianę definicji kryterium głównej korzyści, nowe zasady raportowania dla podmiotów objętych tajemnicą zawodową oraz możliwość podpisywania formularzy MDR-3 przez pełnomocników.

Zakres zmian obowiązujących od 1 października 2026 r. pokazuje, że nie będzie to jedynie kolejna techniczna nowelizacja ustawy o VAT. Wiele nowych przepisów będzie wymagało aktualizacji procedur wewnętrznych, dostosowania systemów finansowo-księgowych oraz ponownego przeanalizowania sposobu dokumentowania i rozliczania transakcji. Szczególnie w jednostkach sektora finansów publicznych prawidłowe wdrożenie nowych regulacji będzie miało znaczenie nie tylko dla bezpieczeństwa podatkowego, ale również dla ograniczenia ryzyka sporów z organami podatkowymi oraz odpowiedzialności za nieprawidłowe rozliczenia.

Już we wrześniu Kancelaria Prawna Egitim rozpocznie cykl specjalistycznych szkoleń poświęconych zmianom w podatku VAT oraz praktycznym aspektom ich wdrażania w jednostkach sektora finansów publicznych. Szkolenia poprowadzi Pani Irena Siwek – uznany ekspert i ceniony praktyk podatku VAT, od wielu lat doradzający jednostkom sektora publicznego oraz przedsiębiorcom w zakresie stosowania przepisów podatkowych. Szczegółowe informacje dotyczące terminów i programu szkoleń zostaną opublikowane już wkrótce.